Международный институт центральноазиатских исследований был учрежден 5 июля 1995 года в результате работы крупномасштабного проекта ЮНЕСКО по Шелковому пути. Идея создания института возникла во время работы международной научной экспедиции по степному маршруту Центральной Азии, организованной в рамках проекта «Комплексное изучение Шелкового Пути – пути диалога» – главного проекта десятилетия по культурному развитию (1987-1997).

Вслед за официальным учреждением Генеральный директор ЮНЕСКО г-н Федерико Майор торжественно открыл институт 27 августа 1995 года в Самарканде (Узбекистан).

Изначально Соглашение о создании института подписали Азербайджан, Иран, Казахстан, Китай, Корея, Кыргызстан, Пакистан, Таджикистан, Турция и Узбекистан. В 2020 году к МИЦАИ присоединилась Монголия.

Основная цель МИЦАИ – привлечь внимание мирового сообщества к решению проблем историко-культурного развития Центральной Азии и укрепить сотрудничество местных ученых и их коллег за рубежом посредством многодисциплинарного изучения региона. Институты (общественные и частные институты или негосударственные организации в сфере науки и культуры) связаны с МИЦАИ через систему ассоциированных членов, а ученые в индивидуальном порядке – посредством избрания в члены-корреспонденты.

Высшими органами МИЦАИ являются Генеральная ассамблея и Научный Совет. Секретариат МИЦАИ возглавляет директор, избираемый на из кандидатур, выдвигаемых государствами-членами. При выборе руководителя используется принцип ротации представляемых институтом стран.

Директора МИЦАИ: